大蛇丸与木叶高层志村团藏一直保持着利益合作关系。
研究木遁研究柱间细胞木叶高层曾试图在自愿成为试验体的成年人身上进行的柱间细胞移植试验，试图培养出能使用木遁的使用者，然而却不断失败，增加不少牺牲者，因此这番尝试被立即终止。
然而大蛇丸却依然暗中进行着已经被终止的柱间细胞移植试验，大蛇丸陆续绑架了村中的下忍、中忍、暗部以及木叶周边村落的六十名婴儿，他从初代火影的尸体中提取出遗传基因，然后把遗传基因注入六十个婴儿的身体中进行人体实验，但排斥反应很强烈，他们相继死去...随着岁月的流逝，令大蛇丸吃惊的是，一个试验体婴儿存活了下来，而这名婴儿就是后来的大和。
叛逃木叶后来，大蛇丸在准备处理试验尸体的时候，因为其他的实验暴露，令第三代火影及暗部留意到他的古怪行为，所以大蛇丸最后离开了木叶。
当时实力处于全盛时期的三代本想杀他，但最后于心不忍。
在大蛇丸叛离木叶的时候，自来也曾追上去挽留大蛇丸，但还是无法改变大蛇丸离开木叶的决定。后来自来也仍因为当时无法把走向歧路的好朋友劝回来而自责不已，他也因此多年来都暗中追查大蛇丸的行踪。
晓组织不久后，大蛇丸对晓组织展开调查，并通过药师兜故意让晓组织知道自己的行动，收到了来自晓组织的来信后，大蛇丸赴约后发现了佩恩天道的轮回眼，在故意败给蝎之后，化为蛇形以极快的速度打算夺取天道的轮回眼，但被天道以神罗天征弹飞，之后主动请求加入晓组织，天道以“方便监视”为目的同意了大蛇丸的加入。同时大蛇丸也认出了天道的面孔，即为当年自来也在雨隐村收留的战争孤儿之一。
蝎（绯流琥形态）与大蛇丸在加入晓组织之后，戒指是“空”，指环戴在左手小拇指上。在一次晓的会议中，说出了关于川隐村邪教的不死之身实验的相关情报，被佩恩天道派遣和角都一同前往当地招募实验成功体——飞段，在和角都共同制服飞段后，用封印符和晓组织的理念成功说服飞段加入。晓组织正式完成集结后，与蝎组队执行任务。
在宇智波鼬加入后，由于想得到写轮眼的力量，大蛇丸试图夺取宇智波鼬的身体当转生容器，但被鼬以幻术制服，并被斩断一手，后在药师兜的掩护下撤离。后来又因为与晓组织的目的不同最终离开晓。
后来大蛇丸集结势力在田之国建立了自己的忍者村－音忍者村，标记是八分音符，其势力范围位于火之国的北方。他的重要部下有红莲、鬼灯水月、重吾（北方据点）、香磷（南方据点）、药师兜、音忍五人众（即辉夜君麻吕、多由也、次郎坊、鬼童丸、左\/右近）等。
中忍考试十二年后，此时的大蛇丸已进入中年时期，他与第四代风影·罗砂结盟，二人联手进攻木叶，其行动称为“木叶崩溃计划”。
他以部下药师兜作间谍潜入木叶隐村，而他自己也伪装成一名来自草隐村的女中忍考生混入木叶隐村。在死亡森林中大蛇丸遇到宇智波佐助，因为大蛇丸打算以佐助的身体当转生容器，所以给了佐助天之咒印，并预言佐助将会为报宇智波一族被灭族之仇去找他追求力量。
大蛇丸刺杀四代风影后来，他暗杀第四代风影，并伪装成风影，让自己完全控制砂忍的行动。在第三场中忍正式考试中，伪装成四代目风影的大蛇丸受三代目火影特意邀请，来到木叶隐村中忍选拔会场与三代目火影一同观赏这场淘汰赛，期间由大蛇丸的四名得力部下多由也、次郎坊、鬼童丸、左近右近伪装成两名砂隐忍者作为护卫，由于宇智波佐助为赶来参加考试，三代火影多次推迟考试时间后佐助仍未来参加，随后三代火影决定取消其资格，但因“四代目风影”的劝阻，三代火影打消了此念头。
木叶崩溃行动对战三代火影五十岁时他跟木叶的原盟友·第四代风影结盟，二人合谋攻击木叶，其行动称为“木叶崩溃计划”。大蛇丸则另有图谋，在兜和君麻吕的帮助下，大蛇丸暗杀了罗砂并伪装成风影的模样，他成功挑起砂忍和木叶忍者之间的战斗，直到中忍考试结束，马基等人才发现罗砂的尸体。他以部下药师兜作间谍潜入木叶忍村，而他自己也伪装成一名来自草忍的中忍试女考生混入该村。
并于死亡森林中遇到宇智波佐助，由于打算以他的身体作转生容器，故意给了佐助天之咒印，并预言佐助将会为报宇智波一族被灭之仇去找他寻求力量。
后来，他成功挑动起砂忍和木叶忍者之间的战斗后，立时撕下伪装，在由音忍四人众所维持的结界里，跟第三代火影挑战。
在激战中，三代火影使用“忍术·瓦片手里剑”攻击大蛇丸，但轻易被大蛇丸躲过，大蛇丸立即反击、以“潜影蛇手”袭击三代火影；之后三代火影使用“土遁·土流大河”、“土遁·土龙弹”及“火遁·火龙弹”连续攻击大蛇丸，但被大蛇丸使用土替身躲过。
召唤初代二代之后，三代火影使用“手里剑影分身之术”之时，大蛇丸使用秽土转生将初代火影与二代火影召唤出来，他们的意志被完全抹杀，被迫参加战斗，二人无法发挥原本的实力。
在战斗过程中，日斩使用“火遁·火龙炎弹”从口中吐出火焰向兄弟二人扑面而来，面对火遁的攻势，第二代火影使用水遁·水阵壁从口中猛烈喷出如海浪一般的水之墙，抵挡住日斩的火遁攻击。
紧接着，第二代火影双手合十后，使用水遁·水冲波在一瞬间凭空召唤出犹如龙卷风般快速旋转上升的水，之后水犹如瀑布一般扩散并向下冲击日斩，日斩则使用土遁·土流壁筑成巨岩阻挡洪水；但就在从岩石返归城楼之际，初代火影使用木遁秘术·树界降诞从地上快速生长出多棵树木，树木连根拔起，在一瞬间制造出一片森林，并且树枝牢牢的捆绑住日斩的双手与双脚。