嘉靖看了朱载坖的自辩奏疏，和李春芳、杨继盛等人的说法是一致的，说明这个问题上，朱载坖并没有骗嘉靖，海瑞很有可能是真的自己一个人做的此事，不过现在不管是不是海瑞一个人做的此事，嘉靖都要从严追究此事。
随着裕王被禁足，海瑞下狱，朝廷上因为此事也是闹得满城风雨，科道言官们纷纷上疏，要求将海瑞移送三法司审理，而不是由锦衣卫审理。
对于御史们的要求，嘉靖御批道：海瑞置主毁君，不臣悖道，锦衣卫捕送该司严刑追究主使及同谋。
嘉靖给海瑞定的罪名是集中的，按照这个罪名，送海瑞上菜市口是妥妥的了。但是锦衣卫审讯半天，却没能得出结果。无论锦衣卫、东厂威逼利诱，如何讯问，海瑞咬死就是此事就是他一人所为，没有其他人参与，朱希孝面对他一样也是毫无办法。
嘉靖不想理会此事，但是群臣们不能不理会啊，以首辅徐阶为首，群臣上奏嘉靖，请求嘉靖将朱载坖的禁足解除，对于徐阶的上疏，嘉靖根本不予理会，而是直接将奏疏留中不发。
见嘉靖不为所动，徐阶等人只得请求嘉靖召见，嘉靖于是在无逸殿召见阁臣，虽然此事已经过去了一段时间了，但是嘉靖的身体一致没能够痊愈，尽管太医院使徐伟尽心尽力的为嘉靖的调养，但是嘉靖的身体只是每况愈下，阁臣们见嘉靖的身体比之前几日肉眼可见的差了。
徐阶赶紧上前说道：“陛下千万要保重龙体啊！”
嘉靖说道：“朕还没被他们气死，已经是侥天之幸了！”
徐阶没法接这个话，嘉靖接着问道：“内阁请见，是为了何事啊？”
徐阶将今日的来意告诉了嘉靖，内阁辅臣们认为，现在仍旧禁足裕王于情于理都说不通了，之前可能是因为害怕海瑞上疏和裕王有关，现在锦衣卫审了这么久，也没能伸出个什么来，而且都察院等调查之后也认为海瑞性格孤僻，这次的上疏应该就是他自己所为，此时再将裕王禁足，朝廷上会有非议的。
嘉靖听完徐阶的话之后，并没有第一时间回答徐阶，而是问道：“徐阁老，海瑞该当何罪啊？”
这话倒是令徐阶一下子有些没法说出来了，你说海瑞没罪显然是不可能的，但是徐阶总不能说把海瑞弄死，徐阶毕竟是清流领袖，这种事情是做不出来的。
徐阶斟酌了一下用词，然后说道：“陛下，臣以为海瑞边鄙小臣，不识大体，妄言讪谤，其罪当诛，然究其本心，亦有一二分忠君之诚，陛下亦宽恩免死，以彰仁恕之道，如此法与情两全也！”
嘉靖听了徐阶的话，并没有回应徐阶，而是说道：“朕近来多病，这些事情，就先放一放吧！内阁要多担待一些。”