在朱载坖的严令之下，科道很快就查清了事实真相，这些被开革的吏员没有一个是什么好鸟，科道御史将相关的证据呈送朱载坖后。
朱载坖召见了三法司长官，问道：“按例登闻鼓案件应当怎么处理？”
左都御史葛守礼说道：“回陛下，按例鼓下所受词状，凡通过击打登闻鼓或投状通政司而发下之原告人，连同告状到都察院，责令供状明白，保管听候。之后提取原告和被告对质，记录被告人的供述和辩护词。然后拟定罪名。”
朱载坖接着问道：“眼下事情已经明白，总宪以为，应当如何处断？”
葛守礼说道：“陛下，依大明律，若迎车驾及击登闻鼓申诉而不实者，杖一百，事重者从重论，得实者，免罪。”
朱载坖冷笑一声说道：“彼等意图扰乱新政，若轻判，岂不是放纵不法？”
对于这些人，朱载坖没有任何好感，既然他们愿意跳出来挑事，朱载坖肯定会成全他们的。
面对朱载坖的质问，葛守礼略一思考之后，对朱载坖说道：“陛下，凡假以建言为由，挟制官府，及将暧昧不明、奸赃事情、污人名节、报复私仇者，俱问罪。其有曾经法司并抚按等衙门问断，明白意图番异，辄于登闻鼓下及长安右门等处，自刎自缢，撒泼喧呼者，拿送法司。追究教唆主使之人，从重问拟。”
朱载坖问道：“怎么个从中问拟法？”
刑部右侍郎王世贞说道：“陛下，正统六年，神武中卫小旗高孟，击登闻鼓诬告本卫指挥韩英，斩于市，籍其家。”
这个惩罚不可谓不重，但是对于朱载坖来说还远远达不到震慑这些人的目的。
朱载坖说道：“彼辈造谣生事，构陷该管上官及本衙堂官，事虽未成，情属极恶，当依十恶惩治。”
朱载坖所说的十恶罪，主要是指的十恶中的不义罪，所谓不义，就是杀本属府主、刺史、县令、现受业师；吏卒杀本部五品官以上官长；及闻夫丧匿不举哀，守丧期间作乐、穿吉服及改嫁等。朱载坖认为他们的举动构成了不义罪，虽然未能达到目的，但是他们通过敲击登闻鼓的形式妄图达到自己的目的属于情节极其恶劣，应当以既遂惩治。
最后朱载坖和在和法司臣子们商量之后，决定以不义罪将一干人犯斩首弃市，籍没家产。对于朱载坖的严厉处罚，群臣们一点都不感到意外，吏员改革是朱载坖现在最关心的事情，谁敢阻碍，朱载坖是肯定要收拾他们的。
在朱载坖惩治了闹事的吏员之后，吏员改革就相对比较轻松了。
但是刚刚消停了没几天，都察院、户部、工部都互相争执起来来，原因是因为国子监的算学生员分配的问题，因为国子监的算学生员是三年学成，所以今年是第一科学成的生员毕业的时候，按照之前朱载坖的诏书，国子监的算学生员，直接进入六部和各衙门担任流外一等上的吏员。
这点没什么问题，但是关键是应该怎么分配的问题，因为第一科的算学生员比较少，仅有不到八十人，肯定是不够京师衙门分配的。
户部尚书马森认为，户部司掌财计，下设衙门又多，户部本衙掌全国疆土、田地、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。其内部办理政务按地区分工而设司。各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部分庶务，职责多有交叉。户部本衙下设有浙江、湖广、江西、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南十三司清吏司，此外尚有照磨所、广积库、内、外承运库、军储仓等职司，因此又分为民、度、金、仓四科。
除了户部本衙之外，户部现在还设有提督海关、提督钞关、提督盐政、总督仓场四大直属衙门，还有派驻九边三大防区和各镇的管粮郎中、主事，运河上的户部分司等派出衙门，现在户部需要大量精通算学的吏员到户部任职去。所以马森认为，这些算学生员应该全给户部，其他衙门都得往后稍稍。
对此，都察院、工部表示马司农你在想屁吃，左都御史葛守礼认为，都察院肩负着监察天下不法的重任，而查缉奸佞，打击贪墨，需要大量精通算学的吏员帮助都察院的御史们查账，才能将这些贪官污吏给揪出来，所以应该紧着都察院分配。
工部尚书朱衡认为，工部司掌整个大明的工程营建，河道边墙的修整，各种工程的预算，也需要相当数量的精通算术的吏员，但是眼下就这么多人，怎么分配？三位部堂大员都坐在吏部尚书杨博这里，要求杨博解决此事。
杨博也是被他们搞的无话可说了，直接带着他们求见朱载坖，请朱载坖圣裁此事。
朱载坖听了他们的话，也感到有些棘手，大明现在缺乏各种粗通文墨又精通各种技术的人才，朱载坖思虑再三，觉得还是要先紧着户部，这一科国子监算学的生员，大部分都分配给了户部，剩余的则是分配给了工部和都察院，同时朱载坖认为，在新考选的吏员中，选择有算学基础的吏员，送国子监算学科去读书，不用三年，只短期培训一年，学成之后，一样授予流外一等上的都吏，这样也可以稍微缓解各部专业人才的缺少。
除了精通算学的人才之外，工部还缺少精于水利、工程营建方面的吏员，朱载坖认为，这些专业技术人员，可以不拘泥于资格，只要能够粗通文墨，经过考核之后，由各部堂官直接上奏朱载坖，批准选取这些人为吏员，由于这些人是由堂官直接向朱载坖陈奏录取的，就被称为特奏名吏员。
朱载坖下令各部院衙门，清理现在急需的技术人才，由朱载坖批准之后，不经考选，不拘资格，只要有一技之长，皆可以被选取。