朱载坖对于六科的看法就是作为大明的天子近侍，是皇帝的耳目近臣，也不是阁臣或者其他人的打手。
朱载坖首先规定，六科给事中的选任职能出于皇帝的旨意，任何人或者衙门都不能代替皇帝作出决定，或者向皇帝推荐人选。
六科给事中主要的选取对象就是翰林院的庶吉士们，之所以选择这些庶吉士担任给事中，主要是考虑到这些庶吉士们毕竟还不算官场中人，而且关系也相对简单，再加上翰林院的庶吉士们毕竟是以后朝廷的中坚力量，他们长期不接触实务对于翰林官的成长是不利的。
除了六科由皇帝直接简任之外，什么六科给事中考满之后的任官和贬谪，也都是直接由皇帝的安排的，吏部和内阁无权干涉。
而且朱载坖再次将近侍官不允许和其他官员勾结写进六科则例之中，规定六科都给事中、给事中若如外臣交往，以泄露禁中语从严治罪，本人处斩，株连家属。
随即朱载坖将现在六科中的非翰林院出身的给事中、都给事中们全部外放，从翰林院中点选庶吉士充任给事中，资深的翰林官担任都给事中。
同时发布任命，王锡爵、申时行升翰林学士知制诰，于内阁上行走，负责草拟诏书敕诰之事，仍兼都给事中。
随着朱载坖制定的各项则例发布，宣告着朱载坖正式开始用自己的想法来治理大明了，之前朱载坖所采取的各种措施，只能算是新政，到了现在，朱载坖才正式拉开了改革的大幕。
朱载坖认为，改革的首先目的，就是要厘清各个衙门的执掌，不能有重叠模糊的地带，除此之外，还要对现有的衙门予以清查，有叠床架屋的要予以裁并，确有需要的，也要予以新设立。
如对于有关军中犯罪的事项，之前主要是有地方各卫的镇抚、五军都督府断事官所管理，这次朱载坖设立卫尉寺，用于专门审判士卒犯罪和军官职务犯罪等事项。
对于厂卫，朱载坖也做了调整，原本属于锦衣卫的如驯象、仪仗等事务被移交给御马监，锦衣卫现在只负责皇帝的贴身保卫和缉捕诏狱之事。
厂卫的分工也要做一明晰，东厂主要负责对于朝廷官员、京师各衙门的监督，包括锦衣卫，也在东厂的监督之下，而锦衣卫主要负责查办大案、搜集军事情报、维持军纪，纠察军中各种不法之事。
所以锦衣卫的职权反而是得到了加强，原本一卫的编制显然是不够的，锦衣卫的级别也水涨船高，朱载坖下令，原锦衣卫升格为正二品都指挥使司，锦衣卫也正式改称锦衣都司，除原南北镇抚司、诏狱仍然保留之外，按照五军都督府设立前后中左右五卫，按地域负责对整个大明进行监察。
锦衣前卫，下辖辽东、蓟州、宣府、大同、山西五个千户所。