对于这些藩属的异心，不光朱载坖很清楚，大明的这些臣子们也都很清楚。朝鲜只是最近表现的比较明显而已罢了。
不过朝鲜的异动也使得朱载坖提高了警惕，现在辽东局势已经发生了改变，女真力量过于弱小，使得朝鲜有了可乘之机，朱载坖绝不会给朝鲜染指辽东的机会，所以朱载坖给汪道昆和戚继光密旨，要他们关注朝鲜，一旦朝鲜要是真有异心，那大明就要迅速采取措施。
同时礼部、锦衣亲军也要加强对于这些所谓藩属的情报收集，大明对于这些所谓藩属的管理，可谓是极为宽松的，大明只需要周边国家进贡与请求册封，就不会对藩国有过多干涉。这给朝鲜留下了可发挥的空间，欺瞒和反抗大明的要求，对南北两股政治势力采取利益最大化的政策。
朱载坖认为，现在的情况下，大明必须要对这些这些藩属加强管理了，但是现在管理这些藩属的仅仅是一个礼部主客司，显然是力有不逮的，大明对于这些藩属的管理，几乎除了朝贡之外，就是放养的状态。
以负责此事的礼部主客司为例，主客司的职责仅仅是：查验勘合和表文，确定贡使身份，验明其是否按规定的贡期、贡道而来，并确定接待与赏赐标准；清点贡物，交付内府，确定附载货物的价值；保管大明使臣出使他国时记载的风土人情；授予有功的诸蕃诰敕；考核译字生与通事，严禁其与外国人员私通；管理会同馆。
虽然名为主客司，但是实际上负责的是朝贡事务，对于藩属，大明一向采取的是不干涉其内政的态度，只要藩属能够按时朝贡，对于大明来说就行了，若是不来朝贡，大明似乎也无所谓，至于藩属国内部的事情，大明不想也不愿意去关注。
但是现在的形势已经是由不得大明不关注了，随着西夷的大举入侵，大明原有的朝贡体系已经被彻底破坏掉了，大量的大明藩属国被西夷所侵略，剩余的也不再进贡，即便是仍在进贡的藩属国，对大明也是首鼠两端，就如同朝鲜一样。
朱载坖认为要重视对于这些藩属的管理，既要怀柔远人，也要膺惩不法，要设立一个专门的机构来管理这些藩属，朱载坖将自己的看法告知了内阁之后，阁臣们对于朱载坖的这个想法有些不能接受，因为大明君臣对于这些藩属的态度一向就是远人不服，修文德以来之。
说白了，在大明君臣看来，大明是天朝上国，自然是以德服人的，大明要做的就是修明内政，给这些来大明朝贡的藩属国王和使臣们展示大明的天朝气度，来大明的小国统治者们都可以看到大明国内社会的井然有序、官僚制度的健全和相对高效、大明皇帝在国内民众心中至高无上的地位、接近于无穷大的权力及其稳固的统治，自然使得这些使臣和君臣们心生景仰之情。
在大明之前对于这些藩属的管理中，为什么坚持厚往薄来的政策，就是因为大明君臣认为，相比于对丝绸、宝船等物质的羡慕，稳定的社会秩序和稳固的统治对小国统治者们显然更具有吸引力，只要大明能够在这方面做好，使得这些藩属们接受大明礼制的教化，就可以使得他们心悦诚服。
阁臣们认为，只要大明做好自己，使得礼制规范在各朝贡国得到扩散和内化，那么自然就会对这些国家的行为产生影响，一方面制约他们的行为不“违礼”，另一方面引导他们的行为以更加“合礼”。使得这些藩属国认同大明，从而保土安民，上奉天道，尊事中国。
朱载坖认为，这种办法也许在之前是行得通的，但是现在时代变化了啊，这些西夷哪讲什么礼仪？人家凭借的就是坚船利炮，哪里跟你讲什么礼仪道德，就是干就完了，大明在南洋的藩属国已经不剩下几个了，再搞下去，大明的羽翼被剪除了之后，他们就要对大明下手了，所以朱载坖认为，必须要设立专门的机构，管理这些藩属，同时对于这些藩属，也不能再放任自流了。
首先要对付的就是朝鲜，朱载坖在和阁臣们的商量之后，决定对于朝鲜要狠狠的敲打了，朱载坖再度给朝鲜下达诏书，在诏书中，朱载坖要朝鲜回忆当年李成桂向大明承诺的慎封疆之守，事大以礼、事大以诚的诺言，并且要求朝鲜立即和倭国断绝一切联系，否则后果自负。
同时朱载坖正式要求内阁和吏部、礼部、兵部等衙门商量，首先将大明各个衙门中有关藩属事务的机构，将他们的执掌列明，为组建一个专管藩属的衙门做准备。
经过吏部的汇总，和朝贡藩属有关的衙门除了礼部主客司之外，还有部仪制司、鸿胪寺、兵部、四夷馆、户部、光禄寺等衙门，礼部仪制司掌诸礼文、宗封、贡举、学校之事，有关这些藩属进奏的文书等，格式是否正确，是需要仪制司来先行审核的。
而鸿胪寺掌朝仪、宾客等相关事宜，在这些藩属的朝贡过程中也要起到很重要的作用，外夷朝贡、接受赏赐时皆到鸿胪寺演练朝见礼仪。再者，外夷朝贡、受赏皆由鸿胪寺引见，如外夷进贡方物时，鸿胪寺官将其引至御前，胪寺主要负责朝贡礼仪和转呈保单、奏本之事。
兵部涉及的主要是会同馆隶属问题与夷情处置两个方面，会同馆原本是兵部车驾司管辖的，是接待外国和边疆民族贡使的场所，同时是大明与朝贡使团进行经济贸易活动的场所，还是大明与朝贡者开展外交活动的主要场所。现在已经移交给主客司管理了，还有就是一旦有夷情发生，兵部作为总管军务的部门，是要对此事发表建议的，尤其是在涉及到用兵的问题上。