对于赵贞吉的看法，理藩院署院事茅坤并不认同，他对朱载坖说道：“陛下，臣以为事涉宗系，于朝鲜为至重之事，于大明亦是如此，大明为天朝上国，理应辨明冤枉，若事情属实，可以安抚朝鲜，使之诚心归顺，若事不属实，则以明示朝鲜，以绝其望也！”
茅坤认为大明应该重视此事，将此事认真的查一查，若是属实，就应该予以改正，正好可以安抚朝鲜，若是朝鲜人编的，也好让朝鲜人不再纠缠此事了。
朱载坖认为茅坤说的确实是个办法，便命令翰林院、礼部、理藩院详查此事，将此事的来龙去脉搞清楚，由大学士陈以勤负责此事。
同时给朝鲜下旨，他们既要申诉所谓的宗系辩诬之事，就要向大明提供相应的证据来说明此事，同时令王锡爵在朝鲜就近调查此事。
很快翰林院就将皇明祖训上的有关朝鲜宗系问题的由来搞清楚了，并且条陈上疏到朱载坖的案头了，李成桂在正式篡夺高丽政权之前，先是拥立了一个傀儡恭让王，这引起了当时仍然忠于高丽的一些臣子的不满，两个高丽官员尹彝、李初逃到明朝，控诉恭让王非高丽王室子孙，而是李成桂的姻亲，在废立后图谋侵犯大明，又说李成桂是高丽已故权臣李仁任的儿子，希望大明能出兵讨伐。
虽然太祖皇帝并没有出兵，但是相信了这两个高丽臣子的话，认为李成桂是李仁任之子。
因为在太祖眼中，高丽也算是比较亲近大明的藩属了，朱元璋即位之后便遣使赐玺书，又送还高丽流人，向高丽表达和平诚意，高丽国王王颗也向大明朝贡，接受大明册封，奉明正朔。所以最开始太祖认为高丽人知经史，文物礼乐略似中国，非他邦比。
但是很快，高丽国内政局就发生动荡，亲元的李仁任弑君，另立国王，再次向大明请求册立，这导致了朱元璋的不满，朱元璋当即拒绝了李仁任的要求，并且说道：“其弑君已久，今始请谥，将假吾朝命，镇抚其民，且掩其弑逆之迹，不可许。”
由此大明和高丽的关系急转直下，李仁任等亲元势力膨胀，崔莹秉权后又有攻辽企图，洪武二十年，大明在辽东设置铁岭卫，激起了两国在辽东边界上的冲突，高丽国王停用洪武年号，恢复元朝冠服，命令崔莹、李成桂率军进攻辽东，李成桂认为不能和大明开战，于是发动兵变，弑君杀臣，先后立辛昌、王瑶为王，李成桂掌控高丽大权。
在李成桂自立之后，一直采取依附大明的政策，但是太祖皇帝对于高丽四位国王连续被废被弑及李成桂在边界挑起的事端极为厌恶，虽然李成桂一再请求大明册封，但是终太祖一朝，对于朝鲜都是极为冷淡的。
太祖在给李成桂的诏书中明确说道：“为昔高丽陪臣李仁任之嗣某，今名某者，今观李某所为，似非奉帝命主生民者，彼若肆侮不已，问罪之师，在所必举！”
李成桂当时就上疏辩驳了，李成桂在给太祖皇帝的奏疏中说道：“臣于仁任，本非一李。自臣与闻国政，将仁任所为不法，一皆正之，反为其党所恶，至有尹彝、李初逃赴上国，妄构是非，尚赖陛下之明，已伏厥罪。然其党与，潜伏中外，忌臣所为，至今纷纷不己。”
但是太祖并不相信李成桂的说法，还是相信尹彝、李初的说法，并且通过皇明祖训将李成桂的出身问题及弑杀高丽四王的问题确定下来，这就造成了朝鲜的所谓宗系辩诬的问题。
同时，成祖当时准许改正的承诺和《大明一统志》的更改成为后来朝鲜围绕《大明会典》辨诬的依据和明证，常被朝鲜使臣在辨诬奏文中提及。这就让大明君臣确实是很为难了，一面是太祖万世不易的皇明祖训，一面是成祖的上谕，确实是让后世的君臣难办，他们都相信后人的智慧，但是现在应该怎么办？
朱载坖很清楚，看起来这是朝鲜王室的所谓宗系问题，但是实际上是朝鲜的正统性问题。现在由于年深日久，李成桂的出身问题和他弑君的问题已经纠缠在一起了，这事得难点就在于，李成桂的篡位确实存在弑君行为，而李仁任也曾弑君，所以这也是太祖愿意相信李成桂乃其子的原因，若两者有其一成立的话，那么就很容易造成另一方面也是事实的印象，这对于朝鲜王室来说是难以接受的。
毕竟一个接连弑君的开国之君，会使得朝鲜王室的正统性不足。而民间野史是最乐于传播这些的了，所谓野史不一定是史，但是肯定够野，这种什么父子弑君的伦理大戏，怎么可能不是百姓喜闻乐见的，所以不仅是皇明祖训对此事予以记录，大明的很多官员们也相信此时。
在朝鲜方面的奏疏中，就罗列了大明官员的着述，原刑部尚书郑晓所着《吾学编》、故工部尚书雷礼所编《皇明大政记》、原任按察佥事王钇所着《续文献通考》、原任按察佥事冯应京所纂《经世实用编》、原任吏部主事饶伸所辑《学海危言》、原南京刑部尚书王世贞所纂《弇山堂别集》、原刑部尚书黄光升所着《昭代典则》、故都督佥使万表所录《艾集》、故吏部尚书李默所纂《孤树哀谈》，都认为李成桂是李仁任之子，他们父子连弑四君，建立了现在的李氏朝鲜。
李昖在给朱载坖的奏疏中极为愤慨，认为无其实而被恶名，流布天下，实所痛心，李仁任于李成桂宗系各别，伏望圣慈垂察，令李氏宗系，得蒙改录，一国幸甚。请求大明父母之邦，予以辩驳，为李氏朝鲜正名。
而在大明收集相关资料，查证此事的时候，在朝鲜的王锡爵也奉旨调查此事，朝鲜人将朝鲜国史取出，请求大明天使查阅。