朱载坖当即召提督蓟辽军务戚继光入京，同时等戚继光到了之后，朱载坖召集了所有的参赞军务大臣们，将山东都司清理军籍的情况给诸位参赞军务大臣和戚继光看。
之所以特地将戚继光叫来，因为戚继光的世职就是登州卫指挥佥事，而这次登州卫的情况那也是非常之好的，原本五千六百人的一卫士卒，经过五军都督府和卫尉寺的清点，登州卫实有军士只有两千三百三十五人，逃亡的军士比在籍军士还多。
所以朱载坖召集他们，商讨解决办法，朱载坖直接问戚继光道：“戚卿，这登州卫军士逃亡过半，你怎么看？”虽然朱载坖相信戚继光不是苛待军士的人，但是登州卫的情形也实在是太过于惊人了，朱载坖想知道卫所的实际情况，戚继光、李成梁都是卫所出身的将领，他们对于卫所的情况都是十分了解的。
面对朱载坖的询问，戚继光向朱载坖陈述了山东都司为什么会出现这种情况的原因，山东就北方的军事行动而言，受到朝廷的不断调动，辽东，山西边境一有军事行动，都会将距离京师最近的山东军卫进行大量的调动或者山东的粮食大量调出，以应急。
同时山东的京操班军也是实际数量最多的，因为原本最多的大宁都司等都司，其中的精壮之士早就被蓟镇、昌平镇、真保镇等京师周边的军镇抽调一空了，朝廷根本从直隶附近的卫所抽调不了多少兵力出来。
而离京师最近的山东显然就是朝廷抽调京操的主要方向，在朝廷和兵部的严令之下，山东都司不得不将其麾下的大部分实在军士轮番上京班操，这直接导致了山东都司的财政破产。
卫所军士赴京师班操，在之前朝廷是不出一分钱的，都要地方都司支给行粮、月粮，班军上京春班三月至，八月还，秋班九月至，二月还，这其中有月粮、有行粮，一人要领两人的粮食份额，再加上私役，可能一去不还，卫所就要重招军士，就必须有发给军士新的月粮，旧饷要支出，新饷又要增加，直接导致都司卫所的财政破产。
卫所的收入都来自于军屯，而现在大量的军屯被侵占，籽粒减少，地方都司怎么可能保证这粮饷的开支呢？唯一的办法就是放任士卒大量的逃亡，减轻都司的财政压力，尽量保证京操的粮饷，至于其他的那就顾不上了。
戚继光说道：“陛下，国初之时一军之田足赡养一军之用，卫所、屯田盖相表里也。其后军伍消耗，耕者无人，则屯田不足，增以客兵，坐食者众，则屯粮不足，于是益之以民粮，而卫所日渐困顿也。”
按照戚继光的看法，现在卫所的军屯起科太重，卫所军士根本没有经过训练，作战是绝无可能的，山东都司的情况就是，由于山东地区无它警，主要兵力用于上京的班军，而其他就无暇顾及了。山东地区的卫所因其地理位置的特殊性，所以往往各种调动任命最早下达，非常频繁，任务也非常的艰辛，只要京师、蓟辽等地有警，山东肯定是第一响应的，所以山东虽然不是九边军镇，但是却长期承担的着九边军务和京操班军，这样一来，戚继光认为，山东都司现在还能够保有近六万士卒已经算是不错的了。
山东离京师这么近，士卒逃亡就这么多，其他省份，已经可想而知了，大明号称内外卫所四百六十余，在籍军士二百六十万，实际能够有多少人，恐怕只有天知道了。
说道此处，张居正也深有同感，他也是军籍出身，大明的军籍备受歧视，士卒毫无地位可言，这点已经天下尽知的事情，不过对于卫所的改革应该怎么办，朱载坖现在也在思考中，朱载坖有心将卫所予以废除，但是又担心引起政局的动荡，所以只能小步快走。
朱载坖直接说道：“山东乃京畿之后备，断不能空虚，现今山东都司空虚，诸位认为应该怎么处理？”
面对朱载坖的这个问题，各位参赞军务大臣都提出了自己的看法，首先就是要减少山东的班操京军，从三万多减至两万，分为两班，轮流在京师和山东驻防，同时将山东本省的民壮、团练等武装予以解散，军费用于养朝廷的经制之兵，同时由朝廷负担班操军士往来的行粮和在京班操期间的饷银，减少山东都司的财政压力。
然后就是怎么充实山东都司的问题，朱载坖和各位重臣们商量了之后认为，现在贸然将卫所裁撤，实行募兵是不太现实的，卫所可以作为朝廷募兵的来源，也就是朝廷的预备役部队，从中挑选脱产的军士，但是现在军屯起科太重，军户根本无法承担，还要被这些卫所军官们所奴役，这是显然不行的。
朱载坖和重臣们商量之后决定在山东试行军田民田统一科则，统一税率，由地方官府直接征收，同时向军士授田，发给凭证，授田的军士在朝廷需要的时候，就要每家抽丁一人脱产成为职业军人。
同时对于军屯予以清丈，保证现在在籍军户每人有一份土地，同时他们直接向地方官府缴纳赋税了之后，也可以摆脱卫所军官对他们的奴役，卫所世袭军官也要予以整顿，首先就是将他们侵占的军屯吐出来，同时剥夺他们役使军士的权力，招募无地的百姓，分给土地，成为军户。
朱载坖认为，兵可百年不用，不可一日不备，随着大明军队火器化程度的提升，卫所军队已经不能适应战争了，只有组建常备军，才是攘外安内的措施，对于卫所的改革，就从山东做起。
朱载坖命令练兵军务处制定一个详细的计划，条陈上疏之后由朱载坖御批后发布，以山东作为试点，对大明的兵制进行系统的整顿，迎接大战。