面对马芳等人的上疏，朱载坖当即予以御批同意，命令萝川侯马芳整顿宣大山西等处的京操班军，哈密伯李成梁负责整顿辽东、大宁等处的京操班军，顺宁侯俞大猷负责整顿其余地方来的京操班军。
同时命令锦衣亲军都指挥使左都督陆绎、卫尉卿赵锦、总督京营戎政临淮侯李庭竹、京卫都指挥使严绍庭统帅锦衣亲军、京营、亲军诸卫弹压京操士卒，整肃军纪。
最先安定下来的是宣大山西和大宁辽东的京操士卒，马芳、李成梁都是在军中威名素着的老将，这些地方的官军士卒也都对他们极为敬服，所以在他们两人赶赴军营之后，很快就安定了下来，马芳、李成梁也都是老将了，该怎么处理这种事情也不用朱载坖教，当即将挑头闹事的士卒抓出来砍了，以儆效尤。
而俞大猷这边就相对不那么好处理了，虽然俞大猷也是国朝名将，但是这些从地方都司来的士卒根本不认识俞大猷是谁，至于其中的一些世袭卫所军官，也大多无法控制部队，只要大兵弹压才行，在锦衣亲军、京营和亲军诸卫的包围下，这些没有武器的士卒们开始慌乱了起来。
不过俞大猷处理这些事情是很驾轻就熟的，当即命令锦衣亲军向他们喊话，打开营门，安静待好，自然无事，然后大批的京营和亲军诸卫士卒们进入各营，将这些士卒们赶回自己的营房中去，随后锦衣亲军和卫尉寺就开始调查起来了。
原因其实也很简单，这些士卒们到了京师，虽然朝廷供给衣食，但是京师是不准外兵进入的，必须要有旨意才行，班操京军也不例外，所以京营派遣了士卒看守班操京军的营房，就是不准这些军士跑到京师去，但是这些军士吃饱了，当然是想出去看看的，于是就和看守营房的士卒发生了冲突。
看守班操京军的京营千户赶紧以班操士卒哗变上奏，事情其实远没有那么严重，虽然这事实际上兵部严重，但是引起的政治风波是极为严重的，很多官员纷纷上疏，认为这些丘八不可信任，兵骄难制，大规模训练班操京军不太现实，这些还算是比较理智的。
已经有不少人将矛头直接指向了练兵军务处，他们认为，正式练兵军务处提出的训练班操京军，才导致了这种事情的发生，之前由内阁、兵部管理军务的时候，并没有出现这种事情，而练兵军务处负责军务之后，竟然出现了都门兵变这样恶劣的事情，可见练兵军务处根本无助于军务，反而会坏事，他们请求朱载坖撤销练兵军务处，将权力还归内阁和兵部。
朱载坖随即下诏，解释了此事，首先并不存在什么哗变、兵变这些事情，不过是一些士卒干犯军法，朱载坖已经遣人处置了，至于训练京操官军的事情，出自朱载坖本人之意，并非其他人的建议，练兵军务处只不过是执行朱载坖的旨意罢了。
随后朱载坖就召见所有的参赞军务大臣，商量此事的善后，首先由马芳、俞大猷、李成梁汇报相关情况，其实现在事态已经得到控制，事情也并不严重，但是造成的影响是很大的。
对于朝廷官员的奏疏，朱载坖并不想回复，只是说道：“畿辅近边地方武备废弛已久，近来言者皆详于外而略于内，岂万全计？朝廷训练京操，正式强内固基之举，岂可轻废，内阁晓谕群臣，勿再生事，否则朕必严惩不怠！”
现在的问题是怎么善后，因为从正德以来，大明兵变、哗变频发，到了本朝，要稍微好一些，但是这次竟然在都门之外，聚众鼓噪，虽然朱载坖宣称并非兵变，但是无论是朱载坖还是再坐的臣子们，都很清楚如果不是处理的及时，恐怕就要酿成哗变了，无论是高拱等文臣还是马芳等人，都认为严惩是必须的。
朱载坖也一样认为必须严惩，大明官军懈怠已久，士卒玩法疏忽，不守军纪，动辄以哗变、兵变威胁朝廷，这是绝对不行的，想干什么？学五代的骄兵悍将吗？虽然大明之前的兵变多是由于朝廷欠饷所导致的，但是实际上造成了以兵变促兵变的恶劣影响，兵骄难制，军纪涣散，朝廷对于军队的控制力大为下降。
更令朱载坖不能容忍的是，之前朝廷以抚为主、只究首恶的策略，使得许多参与兵变的士卒并未受到追究，反而因为兵变受到朝廷所谓抚驭，从中获取利益，因此一些老兵油子便意识到，要获利就兵变。久而久之，官军就形成以兵变挟赏获益的风气。
高拱杀气腾腾的说道：“陛下，此案必严惩以正军法才行，夫人主鞭笞万国，天下震慑而莫敢越者，以能制其死命也。今顺者缺饷，噪者得金，跋扈者无惩，操练者有罚，倒持太阿，岂所以震慑天下乎？譬如两手痿痹不仁，不为吾用，虽其将帅非唐藩镇之将帅，而士卒实唐藩镇之士卒也。”
这点朱载坖也是赞同的，官军中兵痞甚多，他们打仗没本事，闹事的本事可是不小，朱载坖可不会惯着他们，朱载坖和参赞军务大臣们商量之后，决定是东阁大学士张四维牵头，兵部尚书汪道昆、卫尉卿赵锦、锦衣亲军都指挥使陆绎、临淮侯李庭竹、萝川侯马芳、顺宁侯俞大猷、哈密伯李成梁一道穷究此事，凡是涉事士卒、军官，全部要揪出来严惩。
还有军中的所谓老兵、悍卒，只要涉及到此事，一律严惩不贷，最终由朱载坖亲自处理此事，朱载坖下达上谕称：“夫纲纪军旅之本，朕所不敢轻忽也。尔来习以为哗，哗则奉骄止啼，养成犷悍，遇敌警则必不为我用，虽无杀伤之惨，实为跋扈之萌，朝廷之体统亦轻且亵甚矣！彼既不能守朕之法，朕之三尺剑亦不能容也！”