在京都击败德川幕府的主力后，刘文秀在京都休整了十天，将京都的财物给洗劫一空。随后刘文秀表当着各大名和大臣的面。对倭国天皇道：“我大明天子已在南京为你建好了更大的宫殿，你和你所有的家人都去南京吧。”这遭到很多人都反对，包括岛津加久也反对。于是刘文秀将岛津加久叫到一边问道：“从你们的镰仓幕府开始，有没有永远不到的幕府将军？”岛津加久摇了摇头。“如果现在将你们的天皇送去大明，那以后再有人想造岛津幕府的反，那么他就得不到你们天皇的册封，他永远是逆臣，不可能成为征夷大将军。就算他把持朝政，也只能依附于你的后代。等你的后代出一个能人，再将权利夺回来就是了。这样你们岛津幕府将会永远存在。你好好想想。”刘文秀的话让岛津加久如拨云见日，茅塞顿开。他随即学着大明的礼仪向刘文秀拱手道：“多谢将军提醒，否则小人险些自吴。”说完便向朝堂走去。
来到朝堂，一众大臣们依旧在为天皇去南京的事议论纷纷。而岛津加久一上来便单刀直入的说，如今国内战乱频频，天皇住在这里确实不安全，本将军为天皇安全计，恭请天皇陛下前往大明。待天下安定后，臣等再将陛下接回来。”此言一出，满朝文武皆惊呆了，这是什么操作，天皇离开了日本，那还是天皇吗？见一众大臣都不说话，于是岛津加久接着道：“既然大家都没有意见，那就这么定了，明日启程。”这是大纳言一条龛定出列道：“你这个逆臣，天皇乃是国之根本，你怎敢…”不待一条龛定说完，岛津加久一耳光抽了过去。随即对外面的士兵道：“来人拖出去砍了。”随即进来两个士兵便将一条龛定架了出去，随着一声惨叫传来，一条龛定的脑袋便被提了进来，放在了朝堂中央。这可把众人给吓的不轻，同时坐在皇位上的天皇也吓的瑟瑟发抖。此时岛津加久再次嚣张的问道：“本将军的建议，谁赞成？谁反对？”这下所有人都不说话了，岛津加久满意的笑了笑，他正准备宣布最终决定时。又有几个头铁的站出来，表示反对，他们觉得反对的人多了岛津加久便会重新考虑此事，然而他们太不了解岛津加久的想法了。岛津加久也懒得给他们废话，不待他们开口说话，便让士兵将这几人全部斩首，然后将人头放在朝堂中央。看着那一排血淋淋的人头，再也没有人敢说话了。岛津加久随即面向天皇道：“陛下，看来这朝堂之上就有坏人，为陛下安危计，臣恳请陛下现在就出发前往大明。天皇无助的看了看一众大臣，然后摇了摇头，便站了起来，晃晃悠悠的向门外走去。随后倭国的整个皇族便前往界港，登上了去往大明的运输船。在送走倭国天皇后，刘文秀的大军便将京都周边的大名打了个遍，一是兑现当初给九州大明的承诺，二是杀鸡儆猴，让关东的大名赶紧出兵讨伐德川家光，否则这些被剿灭的大名就是他们的下场。
跟日本的战火纷飞不同的是，南京城中确实一片欢呼声，这次征伐倭国的收益远高于朝鲜。光九州的财富就让那些买债券的人赚了三倍，而跟随倭国天皇一起回来的船只，则是带回来了天量的财富。朱由渠在兑现了债券收益后，赶紧将李岩给叫了过来。待李岩来到华盖殿后，朱由渠叹道：“此次征伐倭国，收益颇丰，我们总不能将倭国的财富全部弄走吧，不然那么多倭人吃什么？依朕看，这仗该结束了，先生说对吧？”李岩见朱由渠那副着急的德性，他便知道陛下想干什么了。不就是这几天给民间分的钱太多了，不想再给大家分了，想独吞呗。于是李岩在心中鄙视了朱由渠一阵，随即拱手道：“陛下，臣也认为此次征伐倭国获利颇丰，百姓们也拿到相应的报仇，再给他们分也不是什么好事。若是让他们拿的太多，以后大家就只想着打仗了。如今。倭王已到南京，不如趁此机会向外宣布战争结束，此次的债券便可以结账了。至于倭国的战事嘛，我们该打还是打，反正现在不缺钱了，倭国的部队也可以自给自足了。”朱由渠满意的点了点头心想：“还是李岩有办法，这种人才就是好用，不知当年李自成是怎么想的。”随后对李岩道：“还是先生有办法啊，好，此事就这么定了。”李岩见朱由渠得到了满意的答案，便拱手行礼准备离开，朱由渠赶紧将他叫住：“先生别着急，朕还有重要的事要与先生商讨。此次虽征服了倭国，擒获了倭王，但这个以后该如何处置了？”“陛下不是已经决定改造倭国了吗？”“先生有所不知，改造倭国的文化，不是一朝一夕的事，很可能是数代百年的事。而当下我们要做的是，让倭国在一百年不会再次强大起来。先生可知朕的意思？”李岩点了点头陷入了沉思。片刻后，李岩拱手道：“陛下，臣有一策望陛下定夺。昔日长平之战时，秦军坑杀赵国四十万降卒，以此来削弱赵国。因此，控制一个国家的人口数量是关键，没有人，给他一万年也强大不起来。虽然我们很快就可以用武力征服倭国，但倭国人口结构简单，民族单一，确实很容易出现割据政权。因此，未来我们应该向倭国迁移汉民，同时未来我们出兵征讨他国时，都从倭国征发仆从军。让他们每个领主按领地大小不同，每年向大明提供一些精壮，如此便可以让倭国的人口保持一个较低的水平。当然朝廷还是要给他们相应的报酬，以免那些领主勾结在一起发动反叛。同时向倭国输入大量的享乐之物，将给那些领主的报酬又给赚回来。让整个倭国进入享乐的死循环无法自拔，彻底根除他们好战嗜血的文化。待倭国的汉民达到一定的数量后，自然也就纳入华夏了。”朱由渠满意的点了点头：“先生真乃诸葛在世啊！”李岩摆摆手道：“陛下过奖了，臣的前半生见惯了生死，只想让天下汉民不再受外来入侵而已。”
在决定好对倭国的政策后，朱由渠在奉天殿接见朝鲜和倭国的国王。给他们在南京城交修建林园，让他们在那里颐养天年。同时宣布了对朝鲜和倭国的战后处理办法。李淏依旧为朝鲜国王，任命李良易为朝鲜摄政王，处理朝鲜事务。冒襄为朝鲜总督，总领朝鲜所有国政。封岛津加久为倭国国王，侯方域调任倭国总督，朱由崧受封扶桑王，进驻京都，镇守倭国。