随着量子领域危机的暂时平息，林默等人回到正常宇宙，却发现宇宙的平静只是表象。各地陆续出现神秘的能量脉冲，这些脉冲携带的信息晦涩难懂，却让林默等人隐隐感到不安。每一次脉冲出现，宇宙中的科技设施都会受到不同程度的干扰，一些古老的遗迹也开始发出异样的波动。
林默召集众人分析这些神秘信号，卡修斯利用先进的设备对脉冲进行解析，发现其中包含着一种极为古老的编码，与他们之前接触过的任何文明代码都不相同。艾莉丝运用精神力量深入探寻信号的源头，感知到一股来自宇宙诞生之初的古老意志，仿佛在传达着某种紧急的信息。
露娜通过心灵感应与宇宙中众多智慧生命交流，得知在一些古老的传说中，宇宙诞生时伴随着一套“原初代码”。这套代码定义了宇宙的基本规则，包括物质的构成、能量的转化以及生命的诞生。而现在出现的神秘脉冲，很可能与原初代码有关。
众人决定顺着这条线索，寻找原初代码的秘密，解开宇宙动荡的根源。根据脉冲信号的指引，他们来到一个被遗忘的星系。这个星系中布满了古老的遗迹，散发着神秘的气息。当他们靠近其中一座巨大的遗迹时，遗迹突然发出强烈的光芒，一道古老的投影出现在他们面前。
投影中是一位身形模糊的古老存在，它的声音低沉而宏大：“年轻的守护者们，你们追寻到这里，说明宇宙的危机已经迫在眉睫。原初代码正在遭受篡改，这是一场来自宇宙黑暗角落的阴谋。如果原初代码被完全改写，宇宙将陷入无尽的混乱，一切秩序都将崩塌。”
林默等人意识到事态严重，向投影询问如何阻止这场灾难。古老存在告知他们，原初代码分散在宇宙的不同维度中，由三个强大的“代码守护者”守护。要想阻止篡改，必须找到这三位守护者，获取他们的力量，修复被破坏的原初代码。
他们首先来到了时间维度的边缘，寻找第一位代码守护者。这里的时间流动极为奇特，过去、现在和未来相互交织，形成无数个时间分支。踏入这片区域，众人感觉自己的意识被无数个时间片段拉扯，记忆也开始变得混乱。
林默运转宇宙之心，稳定大家的意识，引领众人在混乱的时间流中寻找守护者的踪迹。在一个时间漩涡的中心，他们发现了一座由时间能量构成的宫殿。宫殿中，一位身着银色长袍的守护者静静地悬浮着，他周身散发着时间的光辉，眼神中透露出无尽的沧桑。
林默等人向守护者说明来意，守护者微微点头，说道：“我已感知到原初代码的异常。要获得我的力量，你们必须通过时间试炼。”随即，众人被卷入一个时间迷宫，在迷宫中，他们会遭遇自己过去的遗憾和未来的恐惧。林默凭借坚定的信念，引领伙伴们克服内心的障碍，成功通过试炼。守护者赋予他们一部分时间之力，这股力量能让他们在一定程度上操控时间的流速。
接着，他们前往空间维度的夹缝，寻找第二位代码守护者。这里的空间扭曲变形，充满了各种空间陷阱和未知的维度裂缝。每一步都充满危险，稍有不慎就会被卷入无尽的虚空。
卡修斯运用对空间的深刻理解，为大家开辟出一条安全的路径。在空间夹缝的深处，一座散发着幽蓝色光芒的城堡出现在眼前。城堡中，一位周身环绕着空间符文的守护者威严地站立着。
同样，要获得守护者的力量，必须接受空间试炼。众人被传送到一个空间错乱的世界，在这里，物体的位置和形态不断变化，方向感完全失去作用。林默等人相互配合，利用时间之力稳定空间，最终通过试炼。守护者赐予他们空间之力，这股力量能让他们自由穿梭于不同空间，甚至可以折叠空间进行瞬间移动。
最后，他们来到了能量维度的核心，寻找第三位代码守护者。这里充斥着狂暴的能量流，各种能量相互碰撞、融合，形成强大的能量风暴。接近核心的过程中，众人的防护装备受到剧烈冲击，随时有被能量摧毁的危险。
林默将时间之力和空间之力相结合，构建出一个稳定的能量护盾，保护大家继续前进。在能量核心的深处，一位被纯粹能量包裹的守护者若隐若现。
面对这位守护者提出的能量试炼，众人陷入了苦战。试炼中，他们需要将不同属性的能量进行完美融合，稍有差错就会引发能量爆炸。林默凭借宇宙之心对能量的强大掌控力，引导伙伴们成功完成试炼。守护者将能量之力赐予他们，这股力量能让他们自由转化和操控各种能量。
集齐三种力量后，林默等人根据古老存在的指引，来到了原初代码的汇聚之地。这里悬浮着无数神秘的符文，正是原初代码的具象化表现。而在代码周围，一股黑暗力量正在不断侵蚀，试图改写这些符文。
林默等人立刻发动三种力量，与黑暗力量展开殊死搏斗。时间之力延缓黑暗力量的侵蚀速度，空间之力扰乱其攻击轨迹，能量之力则对黑暗力量进行正面冲击。在激烈的交锋中，林默发现黑暗力量的源头是一个隐藏在幕后的邪恶组织，他们妄图通过改写原初代码，掌控整个宇宙。
经过一场惊心动魄的战斗，林默等人终于成功击退黑暗力量，利用三种力量修复了被篡改的原初代码。随着原初代码恢复正常，宇宙中的神秘脉冲消失，科技设施恢复正常运转，古老遗迹的异样波动也逐渐平息。
然而，林默深知，这场胜利只是暂时的，宇宙中依然隐藏着无数未知的危险。他们带着新的使命和力量，继续踏上守护宇宙的征程，随时准备迎接下一场挑战，扞卫宇宙的和平与秩序。