在战争的后期，大蛇丸，自来也和纲手三人亲自带队，与雨之国的岩忍和砂忍开起了决战，这场决战是砂忍率先发起的，毕竟他们目前的后备物资有些跟不上了，所以对于决战有几分迫不及待。
而雨之国的民众和山椒鱼半藏也受够了三个大国的混战，所以对于三个大国的决战假装看不到，甚至暗中还发了一笔战争财，毕竟有的忍村战备资源不足的时候，需要就地采购。
而且那附近如今已经没有雨之国的子民了，早就被提前得到消息的山椒鱼半藏迁走了，至于消息的来源，三大国都有，明细那是提前暗示他的。
在战争刚刚开始的时候岩忍和砂忍凭借总体上略胜一筹的实力，联手冲向了木叶的队伍，不过被大蛇丸，自来也和纲手三人，凭借着忍界三大圣地的三个超大体型的通灵兽，一举将砂忍和岩忍的部队，挡住了。
然后大蛇丸，自来也和纲手三人配合自己的通灵兽一砂忍和岩忍进行了反冲锋，大杀四方，一时间占尽了优势。
不过很快自来也和大蛇丸便遇到了势均力敌的对手，也就是砂忍和岩忍的指挥官，将他们二人阻挡了下来，虽然二人的实力配合通灵兽，一直占据了上风，但是想要取胜的话一时半会还做不到。
与此同时，纲手让自己的通灵兽蛞蝓开始了分裂，爬到了部分己方忍者的肩膀，为受伤的忍者进行治疗，同时充当天线，让纲手的命令可以准确无误的传达下去。
随着纲手那出色的指挥才能逐渐开始发挥，木叶的忍者爆发出了百分之一百二十的战斗力，这让本来在战场上处于劣势的木叶一方，情况获得了极大的改善，甚至个别的局部区域开始占据优势。
这种改善，伴随着纲手将围攻他的几位上忍击溃后，开始主动出击后，效果达到了极致，逐渐开始向胜利迈进。当大蛇丸击败了自己的对手后，这场胜利基本成了定局。
随后，三人带领着部分精锐组成特战队，将战线重新推进到雨之国内部，向着土之国方向推去，主要是砂忍在发现无法取胜后，为了减少损失，已经准备全面投降了，河之国那里讨论了近一年的停战协议，近期进展极快，已经准备签订了。
至于风之国，因为川之国会战的失败，再加上目前雨之国的战斗看不到胜利的希望了，能坚持到现在，还多亏了千代姐弟的坚持，如今也不得不屈服于现实，所以风之国以在雨之国退兵为代价，顺便将土之国卖了一个好价钱，用来减少赔偿。
也不知道猿飞日斩怎么想的，可能是为了尽快签订和平协议，最终使风之国只付出了一个战败的名义，和砂忍未来10年任务金的10%的代价，就完成了与风之国和平协议的签订。
这个消息传出后，让许多为前线抛头颅洒热血的忍军极为愤怒，毕竟这么一点代价，还不够木叶村的损失呢，但是源自火影的命令，将诸多愤怒都暂时压下去了，这导致了猿飞日斩的火影威望进一步削弱。