击退初代舰队的先锋部队后，林夜、洛无面和沧溟君带着满心的疲惫与对未来的担忧，回到了“葬渊号”。他们深知，这只是一场小胜，初代舰队母星的威胁依旧如高悬的达摩克利斯之剑，随时可能落下。而药王谷母星上隐藏的秘密，此刻如磁石般吸引着林夜，他决定深入探索，揭开这一切背后的真相。
在与神秘舰队取得联系并简单交流后，林夜得知他们确实与药王谷有着千丝万缕的联系，并且也在为对抗初代舰队而努力。双方约定，待林夜等人从药王谷母星获取关键信息后，再详细商讨合作事宜。于是，林夜带领着众人再次乘坐登陆艇，朝着药王谷母星的深处进发。
当他们深入到药王谷母星的地心区域时，周围的环境愈发诡异。温度急剧下降，空气中弥漫着一股刺鼻的气味。突然，林夜感受到一股强大的能量波动从地下深处传来。他心中一动，带领众人加快脚步，朝着能量源的方向走去。
在一片空旷的地下空间中，一座巨大的地下工厂出现在他们眼前。工厂内，数万具培养舱以北斗七星阵的形状整齐排列，场面极为震撼。林夜走近其中一个培养舱，只见舱内是一个与他年龄相仿的克隆体，面容与他一模一样，只是眼神空洞，毫无生气。
随着林夜的深入探索，他发现每个培养舱内都是不同年龄段的林夜克隆体。在最新的舱体上，清晰地显示着“第721代实验体，情感污染度99%”。林夜看着这些文字，心中充满了震惊与疑惑。他不明白，为何会有如此多自己的克隆体，而所谓的“情感污染度”又意味着什么。
就在这时，洛无面发现培养液的主要成分与星砂病毒完全一致。输液管连接着星神胚胎的血管网络，而胚胎的脑电波频率与林夜的心跳同步。这一发现让众人倒吸一口凉气，他们终于意识到，星砂病毒的起源或许就与这些克隆体以及星神胚胎有着紧密的联系。
林夜强忍着心中的震惊，继续在工厂内寻找线索。在中央控制室，他看到了监控屏上显示着所有平行宇宙的林夜克隆体。更令人震惊的是，其中三个宇宙的林夜正在观看当前宇宙的实时画面。这一诡异的现象让林夜感到一阵头皮发麻，他仿佛陷入了一个巨大的时空漩涡，所有的一切都交织在一起，让人无法分辨真实与虚幻。
正当林夜等人努力消化这些惊人信息时，药王谷母星突然剧烈震动起来。警报声在整个地下工厂内响起，原来，母星的自毁程序启动了。就在这时，初代的全息影像出现在众人面前。初代脸上带着一丝诡异的微笑，说道：“终于走到这一步了...我的完美作品。”
林夜看着初代的全息影像，愤怒地喊道：“初代，你到底在搞什么鬼？这些克隆体，还有星砂病毒，到底是怎么回事？”
初代的全息影像只是微笑着，并没有回答林夜的问题。随着自毁程序的推进，地下工厂开始崩塌，巨大的石块纷纷落下。林夜知道，他们必须尽快离开这里。在撤离的过程中，林夜发现了一个数据核心。他隐隐觉得这个数据核心可能隐藏着重要的信息，于是将其带在身上。
当他们回到“葬渊号”时，药王谷母星已经陷入了一片火海。林夜等人望着那颗逐渐毁灭的星球，心中充满了感慨与无奈。就在这时，林夜携带的数据核心突然活化，投射出超维星门的构造图。只见门框由情丝编织而成，锁孔是逆骨刃的截面形状。
林夜看着这张构造图，心中充满了疑惑。他不明白这个超维星门与他们所面临的危机有什么联系，情丝和逆骨刃又在其中扮演着怎样的角色。但他知道，这一定是解开所有谜团的关键线索。
洛无面和沧溟君也围了过来，看着构造图，脸上满是疑惑。“林夜，这超维星门是怎么回事？我们该怎么办？”洛无面焦急地问道。
林夜皱着眉头，沉思片刻后说道：“我也不清楚，但我相信这一定与初代的阴谋有关。我们必须找到情丝和逆骨刃，尝试打开这个超维星门，也许在门的另一边，我们能找到拯救宇宙的方法。”
沧溟君点了点头：“没错，不管前方有多少困难，我们都不能放弃。为了宇宙的和平，我们必须全力以赴。”
就在这时，通讯器里传来神秘舰队的声音：“我们已经监测到药王谷母星的异常，你们是否安全？是否找到了有用的信息？”
林夜拿起通讯器，回答道：“我们安全回来了，并且找到了一些重要线索。我们需要与你们进一步商讨合作事宜，共同对抗初代舰队。”
神秘舰队的指挥官表示同意，并约定了双方碰面的地点。林夜等人整理好思绪，驾驶着“葬渊号”朝着约定地点驶去。他们知道，前方等待着他们的将是一场更为艰难的挑战，但他们毫不畏惧，因为他们肩负着拯救宇宙的重任。
在前往约定地点的途中，林夜一直在研究超维星门的构造图。他试图从图中找到一些线索，了解情丝和逆骨刃的具体作用。经过一番思考，他发现构造图上似乎隐藏着一些特殊的符号，这些符号与他之前在一些古老遗迹中看到的符文有着相似之处。
林夜将自己的发现告诉了洛无面和沧溟君，三人一起研究这些符号的含义。经过长时间的探讨，他们终于发现这些符号似乎与一种古老的能量有关，而这种能量可能正是打开超维星门的关键。
随着“葬渊号”逐渐靠近约定地点，林夜等人的心情愈发紧张。他们不知道即将面对的神秘舰队会提出怎样的合作方案，也不知道超维星门的秘密能否顺利揭开。但他们心中都有着一个坚定的信念，那就是无论遇到什么困难，都要为了宇宙的和平而战。