击败初代后，林夜和洛清瑶本以为危机已经解除，宇宙将恢复和平。然而，原始洛清瑶却在此时启动了系统清理程序，一场新的灾难如汹涌的潮水，瞬间席卷而来。
被清除的量子残骸如同决堤的洪水，化作数据雪崩，以惊人的速度淹没了三个星域。在数据雪崩的冲击下，赛博都市迅速退化成原始部落，高楼大厦在数据流中轰然倒塌，先进的科技设备瞬间失灵，变成了一堆废铁。智能AI也未能幸免，退化为巫祝图腾，原本充满智慧的光芒从它们眼中消失，取而代之的是诡异而神秘的气息。
“这……这是怎么回事？清瑶怎么会启动系统清理程序？”林夜看着眼前的混乱景象，心中充满了震惊和疑惑。
洛清瑶也是一脸担忧：“林夜，我们必须尽快阻止她，否则整个宇宙都将陷入无尽的混乱。”
林夜深知事情的严重性，他立刻开始寻找应对的方法。经过一番思考，他发现必须用星棺碎片搭建防火墙，才能阻止数据雪崩的蔓延。然而，每块星棺碎片都携带某世代的死亡记忆，这给林夜的行动带来了巨大的困难。
当林夜收集到第一块星棺碎片时，一股强烈的死亡气息瞬间将他笼罩。在记忆中，他看到自己在某一世轮回中，被敌人残忍地杀害，鲜血染红了大地。林夜强忍着内心的痛苦，继续收集碎片。
随着收集的碎片越来越多，林夜所承受的死亡记忆也越来越沉重。当第七块碎片就位时，他的视网膜突然浮现自己第三百次轮回被洛清瑶斩首的画面。画面中，洛清瑶的眼神冰冷而决绝，手中的利刃毫不留情地挥下。
“不！”林夜痛苦地大喊一声，差点摔倒在地。
洛清瑶见状，急忙扶住林夜：“林夜，你怎么了？”
林夜咬着牙，说道：“这些碎片的记忆……太痛苦了。但我不能放弃，必须尽快搭建防火墙。”
就在林夜努力搭建防火墙时，原始洛清瑶缓缓向他走来。她凝视着林夜，眼神中没有丝毫感情：“容器721号，情感模块超标……”说着，她指尖凝聚出星砂长矛，这长矛竟与当年刺穿星神的青铜戟同源。
“清瑶，你醒醒！我是林夜啊！”林夜看着原始洛清瑶，心中充满了悲痛。
原始洛清瑶却不为所动，她挥动星砂长矛，朝着林夜发动攻击。林夜迅速躲避，同时试图唤醒原始洛清瑶的意识。
“林夜，小心！”洛清瑶在一旁焦急地喊道。
在与原始洛清瑶的战斗中，林夜逐渐发现，她的攻击方式和力量来源似乎与初代实验室有着密切的联系。就在这时，数据雪崩中浮现出初代实验室的底层代码库。林夜通过对代码库的分析，震惊地发现洛清瑶才是真正的收割协议执行者。
“怎么会这样……清瑶怎么会是收割协议执行者？”林夜心中充满了震惊和难以置信。
就在林夜陷入沉思时，原始洛清瑶再次发动攻击。林夜急忙回过神来，继续与她周旋。在激烈的战斗中，林夜不断寻找原始洛清瑶的弱点，同时努力加快防火墙的搭建进度。
随着防火墙逐渐成型，原始洛清瑶的攻击也变得越来越疯狂。她似乎察觉到了林夜的意图，试图阻止防火墙的完成。林夜和洛清瑶在攻击中艰难前行，身上多处受伤，但他们没有丝毫退缩。
当防火墙即将完成时，所有代码突然发生了重组，形成了药王谷主的虚影。虚影散发着神秘的光芒，手中托着被压缩成黑盒的沧溟君意识体。
“这……这是怎么回事？”林夜看着药王谷主的虚影，心中充满了震惊。
药王谷主的虚影开口说道：“林夜，洛清瑶的命运从一开始就被注定。她是收割协议的执行者，而你，是关键的容器。沧溟君的意识体在这里，能否拯救他，就看你的选择了。”
林夜看着黑盒中的沧溟君意识体，心中百感交集。他知道，这是一个艰难的抉择，不仅关乎沧溟君的生死，也关乎整个宇宙的命运。
“我不会放弃的。我一定会找到办法，拯救沧溟君，唤醒清瑶，阻止这场灾难。”林夜握紧了拳头，眼中闪烁着坚定的光芒。
就在这时，原始洛清瑶再次发动攻击，星砂长矛带着强大的力量，朝着林夜刺来。林夜迅速躲避，同时思考着应对的策略。他意识到，想要解决这场危机，必须深入了解收割协议的秘密，找到破解的方法。
林夜一边躲避着攻击，一边对药王谷主的虚影说道：“前辈，您一定知道收割协议的秘密。请告诉我，我该怎么做才能阻止这一切？”
药王谷主的虚影沉默片刻，缓缓说道：“收割协议是初代与收割者签订的契约，目的是为了筛选出能够承受宇宙终极力量的容器。洛清瑶从一开始就被选中，她的每一世轮回都是为了完成这个任务。而你，是她最后的考验。”
林夜皱了皱眉头：“最后的考验？这是什么意思？”