帝国海军诞生于荷鲁斯之乱后对帝国军事力量的重新分拆，原本的帝国军被分拆为帝国海军和帝国卫队，后者也就是日后有帝皇的货币美誉的星界军。此举和拆分阿斯塔特军团的初衷相近，都是避免将一支庞大的军事力量置于少数人的控制下。
尽管大部分历史只强调了大叛乱后军事改革对帝国星际战士造成的影响以及分裂，但由于荷鲁斯之乱中倒向战帅一方的人几乎存在于任何一个大型组织或派系，因此在叛乱结束后，几乎每个相应组织都遭到了更严厉的约束或拆分作为惩罚。
机械神教被改组为机械修会，此举引发的震动在万机神的信徒中甚至超过了大叛乱本身，作为补偿，机械修会被给予了帝皇升天后，帝国理论上的最高统治机构，高领主议会的固定席位。
在大叛乱中“表现出色”的赛博尼提卡军团，机械神教中专司战斗机器人与自动化作战的组织，则被施加了尤其严厉的约束，禁止他们越过深红协定的雷池。
泰坦军团和骑士家族受到的公开限制较少，这是因为失去了星际战士的军团制度，他们很难再进行亚空间机动和战场投放（大远征期间这些工作都是星际战士的运兵船完成的），刺客庭和机械神教同样向这些家族中派出了眼线。
帝国军所遭受的拆分是最为精密和审慎的，帝国军中的虚空战力，包括舰队，战斗机群，具有亚空间机动能力的运兵船和炮艇（根据旧设定，海航的部分重型战斗机是配备有导航员和亚空间引擎的）都被归入帝国海军重新编组。
编组后的一支舰队，一般也不会多于四十条舰船，其中主力舰一般不超过二十艘。
而剩余的，不具备长距离实体宇宙机动能力和亚空间机动能力的凡人军团则被进一步分拆，类似现代的各个军种，超重装甲团主要装备帝皇毒刃或者影刃这样的超重型坦克。
但不会拥有大量步兵和远程火炮，同样，步兵团和炮兵团只拥有有限的装甲力量，同时，星界军使用的大部分战斗机只具备大气层内机动的能力，只有少数能进入宇宙（。
拆分的结果是，任何单独战舰或帝国卫队团的叛变，都不足以对帝国构成无法处理的威胁，同时由于其自持能力有限，有补给和情报优势的帝国可以将之迅速击溃。
这一方面确实和荷鲁斯之乱极大削弱了帝国的国力并导致帝国原本比较理想的领导人，人类帝皇无法再直接领导帝国，但实际上叛乱造成的战争意志打击和物质损失。
主要是物资损失，，科技损失是无法衡量也无法弥补的。
帝国不再拥有建造巨型战舰，例如帝皇级战列舰或者荣光女王级战列舰，乃至“超荣光女王”级,很大程度上是相关技术的丢失和资源的分散化，尤其是深渊狂怒级建成后，前火星铸造总监科博-哈尔密令摧毁了建造这些巨舰的木星极点轨道坞，这使得机械神教几乎永久失去了建造此类超大规模战舰的能力。
这些战舰是如此巨大，以至于他们不仅无法在不通过内置重力稳定器的情况维持自身形态，其建造也必须在亚空间中进行。
数千年之后，人类继续沿着黑暗的道路前行。忠诚的原体都早已死亡或失踪，人类的未来掌握在以帝皇之名管理帝国的官僚和国教手中。帝皇的黄金宝座每日需要献祭一千名灵能者的灵魂以维持星矩的光辉（依靠星矩，人类的飞船才能进行亚空间航行），曾经将引导人类走向辉煌的科技变成了迷信的偶像。混沌的力量无处不在，外星种族伴随着无尽威胁，无魂的虫族妄图吞噬掉整个银河。