随着遗迹的震动加剧，周围的空间开始扭曲，一个巨大的黑影缓缓浮现。黑影形似一只巨大的章鱼，身体由纯粹的黑暗代码源能量构成，每一条触手都能轻易撕裂空间。它发出一声低沉的咆哮，朝着“黎明号”众人袭来。
林夕意识到，这可能是守护黑暗代码源晶体的强大生物。她迅速组织反击，“黎明号”的武器系统全力开火，然而，攻击落在黑影身上，如同石沉大海，毫无效果。郑宇驾驶战机，冲向黑影，试图近身攻击，却被黑影的触手击飞。
在激烈的战斗中，陈硕发现黑影的弱点在其核心部位，那里的黑暗代码源能量流动相对不稳定。他将这一发现告知林夕，众人调整战术，集中火力攻击黑影核心。经过一番苦战，黑影的核心部位出现裂痕，黑暗能量开始外泄。随着一声巨响，黑影轰然崩塌，化作一团消散的黑暗雾气。
危机暂时解除后，陈硕对黑色晶体进行深入研究。他发现，黑暗代码源并非完全邪恶，而是一种被扭曲的代码源能量。在远古时期，曾有文明试图利用代码源创造完美宇宙秩序，却因实验失控，导致黑暗代码源诞生。而这块晶体，正是解开黑暗代码源封印与净化方法的关键所在。
带着黑暗代码源晶体，“黎明号”回到地球。地球联合政府组织顶尖科研团队，与“黎明号”的科研人员一同研究净化黑暗代码源的方法。经过无数次实验和模拟，他们发现需要找到三颗分别蕴含光明、秩序与和谐力量的能量宝石，才能启动净化仪式。
这三颗宝石分别位于三个不同的神秘星系，每个星系都有着独特的环境和强大的守护者。林夕决定再次带领“黎明号”踏上征程，寻找宝石。
他们首先来到光明宝石所在的星系。这个星系被一片耀眼的白色光芒笼罩，恒星的亮度远超寻常。在星系中心的一颗星球上，生活着一群由光构成的生物。这些生物对“黎明号”的到来充满警惕，郑宇尝试与他们沟通，却遭到攻击。林夕意识到，这里的生物可能对外部能量极为敏感。她让众人关闭所有武器系统，只携带必要的通讯设备，再次尝试交流。
这次，光生物感受到他们的善意，逐渐放下戒备。林夕向他们说明来意，光生物告知他们，光明宝石被放置在星球核心的一座神殿中，由强大的光明守护兽看守。只有通过守护兽的考验，才能获得宝石。
在光生物的指引下，“黎明号”一行人来到神殿所在之处。神殿由纯粹的光晶建造而成，散发着柔和而耀眼的光芒。当他们踏入神殿，一只巨大的狮鹫出现在眼前，它的身体由光明能量构成，双翼展开，几乎占据了整个神殿空间。
狮鹫发出一声震耳欲聋的咆哮，一股强大的光明能量波动袭来，众人不得不撑起防护盾抵挡。狮鹫的考验是让他们在光明幻境中坚守本心，不被幻象迷惑。进入幻境后，郑宇看到了自己内心深处的恐惧与欲望，但他凭借顽强的意志，不为所动。林夕则在幻境中看到了宇宙的未来，既有光明的希望，也有黑暗的威胁，她坚定了净化黑暗代码源的决心。
经过漫长的精神对抗，众人成功通过考验。狮鹫认可了他们，从口中吐出一颗散发着璀璨光芒的宝石，正是光明宝石。众人带着宝石，告别光生物，继续前往下一个星系，寻找秩序宝石。