城都地区，诉说开始变化之风吹起的城镇——若叶镇。在城镇的入口处，是从关都地区而来的梧桐四人。
或许是为了欢迎四人的到来，亦或是为了庆祝四人在城都地区旅行的开始，一阵微风吹过，带起附近的树叶沙沙作响。
“这就是吹起开启之风的城镇么，看来这里就是我们新的开始啊。”梧桐看着眼前的若叶镇，故作深沉的说道。
“是啊，要不是因为某个人我们应该早就开始了。”小茂说道。
“咳，这不是已经吹起开始之风了么~”梧桐咳嗽了一声说道。
“你确定这不是结束之风么？”小明继续说道。
“咳咳，既然已经到了若叶镇了，是不是可以把我解开了。”梧桐蠕动了两下说道。
“尼多王。”真司呼唤了一下尼多王。
“尼多！”尼多王爪子上闪过寒光划开了绑住梧桐的绳子。
“尼多王，回去训练加倍，原因是浪费资源。”真司冷酷的说道。
“尼多！？！？”听到了真司的话之后尼多王虎躯一震，然后向着梧桐投向了求助的光芒。
“加油，我会给你准备特制食物的。”梧桐拍了拍尼多王的肩膀直接无视了尼多王的“救命之恩”说道。
“尼多！”尼多王听到梧桐的回答之后一脸不敢置信，它竟然被“背叛”了！
真司终于看不下去尼多王和梧桐的“愚蠢”互动了，直接把尼多王收了回去。
四人也没有再拖延什么直接来到了神奇宝贝中心进行了城都联盟的登记。
登记成功之后四人决定去拜访一下空木博士。
小茂是因为空木博士是大木博士的学生，并且大木博士对他也赞赏有加，所以小茂来到了若叶镇怎么都要拜访一下他。
梧桐则是因为对空木博士的研究领域感兴趣，想要去咨询空木博士一些问题。
至于真司和小明则完全是抱着拜访一下神奇宝贝博士扩充一下知识总是好的。
四人来到空木博士的研究所门口，小茂刚准备按门铃，门后就传来一阵巨响。
锻炼良多的梧桐敏锐的感觉道了危险一把拉住了小茂把他拉了回来。
“怎么了！？”小茂被吓了一跳不禁问道。
然而小茂的话音刚落，空木博士研究所的大门直接被撞开了，一大群各种各样的神奇宝贝从门后奔涌而出。
跑出来的神奇宝贝们很快就四散跑掉了。
梧桐四人立刻跑进了研究所之中查看到到底发生了什么。
进入了研究所之中，四人看到了许多打开的精灵球，在混乱的研究所之中，空木博士和一个反戴鸭舌帽，身穿红色夹克外套黑色过膝短裤的男生倒在地上。
两人全都是双眼成圈圈状，身子还不时的抽搐一下，在两人的身上还隐约能看到一些不同神奇宝贝的脚印。
“空木博士！你没事吧！”小茂立刻跑到了空木博士身边试图唤醒空木博士。
“喂，小兄弟，快醒醒~”梧桐则是来到了男生身边推了推他。
然后梧桐就发现了一只神奇宝贝从男生的身下探出了头来，在看到梧桐之后又立刻钻了回去。
“火球鼠？没办法了，巨沼怪，把他叫醒！”梧桐叫出了巨沼怪说道。
“啦格~！”巨沼怪出现在梧桐旁边，一把把男生提了起来，然后对着男生的脸就是一口水喷出。
“巨沼怪，你收敛一点，算了，先把他叫醒吧。”梧桐看到巨沼怪这流氓一样的叫醒方式无奈的捂住了脸。
“我在哪~？”苏醒过来的男生有点迷茫的说道。
“啊！不好！快躲开啊！”男生很快清醒了过来然后喊道。
“好了好了，冷静一点。巨沼怪，把他放下来。”梧桐对着巨沼怪说道。
“啦格~”巨沼怪听话的松开了爪子，男生直接摔在了地上。
“你们是？不好，神奇宝贝全都跑了！”另一边空木博士也醒了过来激动的叫道。
“空木博士冷静一点，到底发生了什么？”小茂安抚道。
“你是？老师的孙子小茂？”空木博士也看清了眼前的人说道。
“看起来不像是被入侵的样子。”小明说道。
“也没有看到别的人在。”真司接着说道。
两人在小茂和梧桐叫醒昏迷的两人的时候在附近查看有没有什么隐藏问题。
“空木博士，真的很抱歉！我一定会把神奇宝贝们都找回来的！”男生突然激动的说道，然后对着空木使劲的鞠躬表示歉意。
“也不全怪你，不过这可怎么办啊，那些神奇宝贝都是我研究要用的。”空木博士困扰的说道。
在梧桐几人进行了自我介绍之后，梧桐四人也在空木博士和男生的讲述下了解了事情的经过。
男生的名字叫做阿响，是城都地区的新人训练家，今天刚刚准备要领取初始神奇宝贝开始旅行。
在空木博士这里阿响一眼就看中了火球鼠，谁知道这只火球鼠有点太胆小了，阿响想要和它搞好关系费了不少功夫。
而在这个过程中，因为各种巧合，阿响不小心把空木博士正在进行研究的神奇宝贝们全都放跑了。
梧桐四人互相对视了一眼，总感觉好像触发了什么隐藏任务啊。
“空木博士，我们也来帮忙吧。”小茂说道。
“我们作为训练家的实力还是不错的，应该可以把那些神奇宝贝抓回来。”小明也说道。
“毕竟光靠那个莽撞的家伙应该很难把跑掉了的神奇宝贝全都抓回来。”真司看了一眼阿响说道。
“如果是用来研究的神奇宝贝一定有什么标记的吧？”梧桐问道。
“这次为了研究我申请了100只不同的神奇宝贝，为了方便统计每只神奇宝贝身上都是有编号的，不过真的可以麻烦你们么？”空木博士说道。
“交给我们吧！”×4梧桐四人同时说道。
“我也去寻找的！”阿响也是认真的说道，不过刚刚领取到初始神奇宝贝的他能不能战胜那些用于研究的神奇宝贝也是个问题。