吴天德在逃出爪哇岛后，他们立刻就意识到，鬼哭岛据点中的鼠疫样本很可能会与那些无知的土人接触，从而将鼠疫这头恶魔释放出来。做为鼠疫的研究人，没有人比吴天德他们更明白多种鼠疫集中爆发的可怕性。
也正是因为如此，他们立刻找到捕奴协会在爪哇人负责人，严令他们将所有据点全都撤出爪哇，最好能做到岛上不留下一个汉人。这个命令在别人看来有些荒谬，但是吴天德身上却有李愔签署的特别手令，这是让他在紧急情况下，可以调集齐王府的官方或非官方力量，刚好捕奴协会也包括在内。
也正是如此，所以捕奴协会立刻行动起来，开始抓紧时间将爪哇岛上的汉人撤离，而且这些汉人也不能自由离开，而是运到了一处封闭的小岛上观察，只有等到他们之中没有鼠疫爆发时，才能从岛上离开。
也幸好因为之前东爪哇和中爪哇的暴乱，使得岛上的汉人要么撤离，要么集中在大的据点里，所以撤离行动很顺利，不过即便是这样，最后两个撤离的据点还是受到鼠疫的波及，其中已经有人出现了发病的症状，所以最后一批人被单独安置在另外的岛上，并且由吴天德他们这些专家诊治，尽可能的挽救这些人的生命。
除了据点中的汉人，另外在西爪哇那里，还有一万的倭军和一万的三韩军队，他们正在镇压西爪哇的暴乱。而当这两支军队的指挥官接到消息时，他们已经深入到西爪哇的内部。所以撤离出来的时间也最晚，甚至在组织登船时。军队中已经有人因为染上鼠疫而死亡。
也正是因为如此，他们同样被单独安置。两万人被分成三部分，一部分是已经出现症状的人，另外则是被怀疑染病的士卒，最后则是没有出现任何情况的士卒。部分的士卒被安排在三个独立的小岛上，按照吴天德他们提供的预防和治疗方法治疗。
只不过这两万军队撤离的时间实在太晚了，最后确认染上鼠疫的士卒达到一万两千三百六十二人，而在这一万多人中，哪怕是他们接受了吴天德他们研究出来的治疗方法，但是鼠疫这种病本来就应当以预防为主。当出现发病时，再治疗就已经有些晚了。所以最后染病的一万多人中，能活下来的只有一千五百七十六人，致死率高达百分之九十以上。
以上还是经过吴天德这些鼠疫研究专家救治的结果，而在爪哇岛这种医疗条件落后的情况下，鼠疫的致死率只会更高，甚至可以说，只要是染上鼠疫之后，几乎只有等死这一条路可走。
对于吴天德等人采取的紧急撤离措施。李愔在事后大大的称赞了他们一番，甚至还为吴天德等人颁发军功章，军功章和开拓勋章一样，都是颁发给某一方面的有功之人。不过军功章一般都是颁发给军人，不过因为吴天德这次处置得当，不但挽救了近一半的军队。更重要的是将爪哇岛上的汉人都给撤了出来，这种功劳比打了一场大胜仗更加重要。因此才被李愔破例，为他们颁发军功章。
另外在奖励吴天德等人的同时。李愔也没忘了最重要的事，那就是封锁整个爪哇岛，特别是爪哇岛的东西两端，分别与巴厘岛和金洲只隔着一道海峡，而这两条海峡则被李愔派了两只舰队，日夜不停的巡逻，绝对不能让任何一个爪哇人逃到其它岛上去。
这次李愔是真的动真格的了，毕竟从吴天德那里，他已经知道多种鼠疫爆发可能引发的严重后果，所以除了被动封锁外，他还派出正规海军舰队，以及大量的捕奴队组成武装船队，不计代价的攻击爪哇岛的沿海港口，目标是摧毁能见到的所有爪哇船只，杜绝爪哇人外逃的可能。
甚至在离爪哇最近的一些岛屿，李愔还派人将爪哇爆发大规模瘟疫的情况散播出去，让这些岛上的土人也帮助监视，万一真有爪哇人逃出来的话，也能在第一时间被发现，然后采取相应的措施。
也正是李愔采取的这一系列强力措施，使得这次半人为的瘟疫只局限在了爪哇岛上，期间虽然有不少爪哇人外逃，但大部分都被在海上被击沉，只有极少数人逃到附近的岛上，但也很快被发现，其中巴厘岛因为距离爪哇岛太近，所以后来同样也成为疫区，而李愔不得不在巴厘岛东方的龙目岛再次布置了一道防线。
这场被称为‘爪哇之殇’的鼠疫灾难，一直持续了三年才渐渐的消失，不过在结束后，李愔派人对爪哇岛的人口进行了统计，结果发现岛上的土人从发病前的五百万，直线下降到不足百万，岛上总人口的八成多死于这场灾难，可以说是人类历史上罕见的大灾难。