在初代舰队母星上，“大日如来核心”的剧烈变化让林夜等人陷入了前所未有的危机之中。核心光芒愈发耀眼，周围能量线条疯狂扭动，似乎即将引发一场足以毁灭一切的能量风暴。林夜紧紧握着手中的星砂之刃，眼神坚定地望着“大日如来核心”，大脑飞速运转，试图寻找应对之策。
突然，林夜脑海中闪过一道灵光，他想起了之前在释迦001培养舱事件中，药王谷灵能符咒与佛国机械纹路之间似乎存在着某种神秘联系。他转头看向洛无面和沧溟君，急切地说道：“我有个想法，或许药王谷灵能符咒能帮助我们应对眼前的危机。之前那些线索表明，药王谷和佛国的力量体系有交集，说不定能借此稳定‘大日如来核心’。”
洛无面和沧溟君对视一眼，虽然心中满是疑惑，但对林夜的信任让他们没有丝毫犹豫，立刻开始配合他寻找药王谷灵能符咒的相关线索。就在这时，舰队中的通讯器突然响起一阵嘈杂的电流声，一个急促的声音传来：“林夜，不好了！东京塔顶出现了异常情况，似乎和你们目前面临的危机有关。”
林夜心中一紧，他知道时间紧迫，不能有丝毫耽搁。他迅速做出决定，留下一部分舰队继续监视“大日如来核心”，自己则带着洛无面、沧溟君以及部分精锐队员，乘坐小型飞船火速赶回地球，前往东京塔。
当他们抵达东京塔时，眼前的景象让所有人都惊呆了。东京塔顶，一棵机械菩提树正疯狂生长，树干粗壮且扭曲，内部可见药王谷弟子与机械僧侣的融合体，他们的面容痛苦而扭曲，仿佛被禁锢在这诡异的机械躯壳之中。每片菩提叶都是双螺旋芯片，散发着幽蓝的光芒，播放着佛国实验录像。录像中，各种疯狂的实验场景不断闪现，有对人体基因的改造，有对神秘力量的探索，还有对时空法则的扭曲尝试，让人触目惊心。
林夜深吸一口气，努力让自己镇定下来。他知道，这棵机械菩提树的出现绝非偶然，一定与药王谷灵能符咒激活佛国时空锚点有关，而这或许就是解开“大日如来核心”危机的关键。他走上前去，仔细观察机械菩提树，发现树根处有一些奇异的纹路，与药王谷灵能符咒的符文极为相似。
林夜心中一动，他取出之前收集的情丝，小心翼翼地将情丝缠绕在树根上。就在情丝接触树根的瞬间，整个机械菩提树剧烈颤抖起来，树冠中降下因果雷暴，一道道粗壮的闪电带着强大的力量劈向地面，周围的空气都被电离，发出刺鼻的气味。
林夜意识到，这是一场艰难的战斗，他必须同时切断对应“贪嗔痴”的三根主枝，才能阻止机械菩提树的疯狂生长，进而找到解决“大日如来核心”危机的方法。但他也清楚，每斩断一根主枝，自己就会失去部分记忆，这是一场与记忆和时间的赛跑。
林夜没有丝毫犹豫，他挥动手中的利刃，朝着第一根代表“贪”的主枝砍去。当利刃砍在主枝上时，一股强大的反震力传来，林夜的手臂一阵发麻。但他咬紧牙关，加大力量，终于将第一根主枝斩断。就在主枝断裂的瞬间，林夜只觉脑海中一阵剧痛，一段记忆如潮水般褪去，他的眼神中闪过一丝迷茫，但很快又恢复了坚定。
洛无面在一旁看着林夜，心中满是担忧。她想上前帮忙，但她知道，这场战斗林夜必须独自面对。她只能紧紧握住神秘球体，为林夜祈祷，希望他能平安度过这场危机。
林夜稍作调整，又朝着第二根代表“嗔”的主枝走去。这根主枝比第一根更加粗壮，周围环绕着一层能量护盾，似乎在抵御着外来的攻击。林夜深吸一口气，调动体内所有的星砂力量，凝聚在利刃之上，然后猛地朝着主枝刺去。利刃与能量护盾碰撞，发出耀眼的光芒，火星四溅。林夜不断加大力量，终于突破了能量护盾，将第二根主枝斩断。这一次，他失去的记忆更多，他的脚步踉跄了一下，险些摔倒在地。
在记忆的空白中，林夜的脑海中突然闪过一些画面。那是洛无面在药王谷受戒的场景，洛无面身着素衣，面容庄重，跪在蒲团上。她眉心血痣在烛光下闪烁着诡异的光芒，林夜定睛一看，才发现那眉心血痣实为初代植入的监控器。在受戒的最后一刻，洛无面似乎察觉到了什么，她悄悄将林夜的乳牙塞入伤口，导致监控画面出现了0.01秒的盲区。林夜看着这些记忆画面，心中对洛无面的爱意和感激愈发浓烈，这也让他更加坚定了战胜困难的决心。
林夜强忍着头痛和记忆缺失带来的不适，朝着第三根代表“痴”的主枝走去。此时的他，身体已经十分疲惫，手中的利刃也有些颤抖。但他知道，自己不能放弃，为了洛无面，为了地球，为了整个宇宙，他必须坚持下去。
当林夜靠近第三根主枝时，他发现这根主枝周围的空间都发生了扭曲，仿佛被一种强大的力量笼罩着。林夜深吸一口气，集中精神，寻找着主枝的破绽。突然，他发现主枝根部有一个微小的缝隙，那是能量护盾的薄弱点。林夜毫不犹豫，调动体内最后的力量，朝着缝隙刺去。利刃刺入缝隙的瞬间，主枝剧烈摇晃，周围的空间扭曲得更加厉害。林夜咬牙坚持，终于将第三根主枝斩断。
随着第三根主枝的断裂，机械菩提树停止了生长，因果雷暴也逐渐平息。林夜松了一口气，瘫坐在地上，他的眼神中充满了疲惫，但也有着胜利的喜悦。洛无面和沧溟君连忙跑过去，将林夜扶起。