林夜休息片刻后，开始探索机械菩提树的核心。他发现菩提树核心的灵能反应堆，其冷却系统竟采用林家祖宅的地暖结构，管道内流动着红色星砂。这一发现让林夜心中充满了疑惑，他不明白林家祖宅的结构为何会出现在这里，这背后究竟隐藏着怎样的秘密。
就在这时，被摧毁的树桩年轮显现出林家血脉图谱。林夜等人走上前去，仔细观察图谱，发现最新一圈标注着“沧溟君基因匹配度99.9%”。这个发现让所有人都震惊不已，他们没想到沧溟君与林家血脉竟有着如此高的匹配度，这其中又有着怎样的关联呢？
林夜看着树桩年轮上的标注，心中思绪万千。他知道，这场与初代的战斗越来越复杂，每一个新的发现都带来更多的疑问。但他也坚信，只要他们不放弃，一定能揭开所有的谜团，彻底击败初代，拯救这个陷入危机的世界。
林夜转过头，看着洛无面和沧溟君，坚定地说道：“我们不能停下脚步，这些新的线索一定能帮助我们找到彻底解决危机的方法。无论前方等待着我们的是什么，我们都要一起面对。”洛无面和沧溟君点了点头，眼中闪烁着坚定的光芒。
在短暂的休整后，林夜等人带着新的线索，再次踏上了征程。他们知道，前方的路还很漫长，困难重重，但他们毫不畏惧，因为他们心中有着坚定的信念和彼此的支持。
回到初代舰队母星，林夜等人立刻投入到对新线索的研究中。他们结合机械菩提树的发现和之前在“大日如来核心”处的线索，试图找出初代阴谋的关键所在。经过一番深入的探讨和分析，他们发现林家祖宅结构与佛国科技、药王谷灵能之间存在着一种微妙的联系，而沧溟君的基因或许是解开这一切的钥匙。
林夜决定从沧溟君的基因入手，寻找突破点。他和舰队中的科学家们一起，对沧溟君的基因进行了详细的检测和分析。在检测过程中，他们发现沧溟君的基因中隐藏着一些特殊的序列，这些序列与林家血脉以及佛国的神秘力量有着千丝万缕的联系。
通过对这些基因序列的研究，林夜等人逐渐推测出，初代或许利用林家血脉和佛国的力量，进行了一系列的实验，目的是创造出一种能够掌控宇宙的终极武器。而沧溟君，可能是这些实验的一个重要产物，他的基因中蕴含着激活这种武器的关键信息。
林夜将自己的推测告诉了洛无面和沧溟君，两人听后，都陷入了沉思。沧溟君回想起自己的过往，那些被黑暗笼罩的日子，以及在各种危险和困境中挣扎求生的经历，心中隐隐觉得林夜的推测或许是正确的。他决定全力配合林夜，为解开这个谜团贡献自己的力量。
在接下来的日子里，林夜等人围绕着沧溟君的基因和新发现的线索，展开了更加深入的探索。他们穿梭在初代舰队母星的各个角落，寻找着与林家血脉、佛国科技以及药王谷灵能相关的遗迹和信息。在这个过程中，他们遭遇了初代舰队的重重阻挠，双方展开了多次激烈的战斗。
在一次战斗中，林夜等人被困在一个巨大的机械迷宫中。迷宫中布满了各种陷阱和机关，初代舰队的士兵也在不断地围追堵截。林夜冷静地分析着局势，他利用自己对星砂力量的掌控和对周围环境的观察，带领大家一次次化险为夷。在寻找出口的过程中，他们发现了一个隐藏在墙壁中的古老装置，装置上刻满了神秘的符文和图案。
林夜走上前去，仔细观察这些符文和图案，发现它们与之前在机械菩提树和“大日如来核心”处看到的有着相似之处。他心中一动，调动体内的星砂力量，尝试激活这个装置。随着星砂力量的注入，装置缓缓启动，一道光芒闪过，迷宫的墙壁开始移动，露出了一条通往外界的通道。
林夜等人顺着通道走出了机械迷宫，继续他们的探索之旅。在探索的过程中，他们又发现了一些关于初代实验的重要线索，这些线索逐渐拼凑出了一个更加完整的画面，让他们对初代的阴谋有了更深入的了解。
然而，时间紧迫，初代的计划似乎正在加速推进。林夜知道，他们必须加快脚步，尽快找到阻止初代的方法。在一次偶然的机会中，他们得知初代舰队母星的深处隐藏着一个神秘的基地，那里可能存放着初代实验的核心成果。林夜决定带领众人深入这个神秘基地，揭开初代阴谋的最终秘密……