林夜、洛清瑶被时空裂缝吸入一个未知空间后，本以为能解开初代阴谋的更多秘密，然而，沧溟君意识体所在的黑盒突然出现变故，释放出一股诡异的逻辑病毒，瞬间打破了短暂的安宁，一场前所未有的危机就此降临。
黑盒释放的病毒代码如汹涌潮水，以惊人的速度席卷整个空间，将现实世界彻底改写成了像素世界。原本形态各异的生灵，在病毒的侵蚀下，纷纷退化为八位元形态，仿佛从现实世界穿越到了古老的电子游戏之中。林夜低头看向自己的星纹武装，发现它在感染后呈现出游戏装备属性面板，生命值的数字随着他记忆清晰度的波动而不断变化。
“这……这到底是怎么回事？”林夜震惊地看着周围的一切，心中充满了疑惑和恐惧。
洛清瑶同样一脸惊愕：“林夜，似乎是黑盒里的意识体引发了这一切，我们必须尽快找到解决办法，否则整个世界都将被这病毒吞噬。”
就在这时，原始洛清瑶的身影缓缓浮现。她周身环绕着诡异的光芒，已然化身最终boSS。她的眼神冰冷而空洞，仿佛被某种强大的力量操控。“林夜，这是你最后的考验，也是收割协议的终章。”原始洛清瑶冷冷地说道。
林夜看着原始洛清瑶，心中五味杂陈。他深知，眼前的她已不再是自己熟悉的清瑶，而是被病毒和收割协议控制的傀儡。战斗一触即发，原始洛清瑶率先发动攻击。她的每个技能都对应着林夜某次轮回的死亡方式，仿佛在无情地揭开他心中的伤疤。
第一个技能“星神刺目”发动，一道刺目的光芒瞬间笼罩林夜。在光芒中，林夜仿佛回到了第三千年前的战场。那时，他在一场惨烈的战斗中被敌人的强光刺瞎双眼，最终惨遭杀害。为了击败这个技能，林夜必须重演当时的战场场景，找到破解的方法。
林夜深吸一口气，努力让自己冷静下来。他调动体内的星门能量，试图重现第三千年前的战场。在他的努力下，周围的环境逐渐发生变化，熟悉的战场场景出现在他眼前。林夜凭借着对那次死亡经历的深刻记忆，找到了敌人攻击的破绽，成功破解了“星神刺目”技能。
然而，原始洛清瑶的攻击并未就此停止。她接连发动其他技能，每一个技能都让林夜陷入绝境。林夜在攻击中艰难躲避，身上的星纹武装也在不断受损，生命值持续下降。
在激烈的战斗中，林夜发现了病毒代码中隐藏的初代视频日志。日志中，初代那疯狂的声音响起：“清瑶的觉醒意味着收割协议终章……林夜，你才是真正的祭品。从一开始，你的每一世轮回都是为了这一刻，为了成为收割协议的完美容器。”
“不！这不可能！”林夜愤怒地大喊。他一直以为自己是拯救宇宙的关键，却没想到从一开始就被初代当成了棋子。
尽管心中充满愤怒和绝望，林夜并没有放弃。他知道，只有击败原始洛清瑶，才能阻止收割协议的执行，拯救宇宙。
随着战斗的继续，林夜逐渐发现，在这个像素世界里，往生客栈的八位元化投影成为了复活点。柜台老妪也变成了Npc，向林夜发放星髓任务。完成这些任务，林夜就能获得强大的星髓，提升自己的实力。
林夜一边躲避着原始洛清瑶的攻击，一边完成Npc发放的任务。在获得星髓后，他的实力得到了显着提升，逐渐在战斗中占据上风。
当林夜即将击败boSS时，原始洛清瑶突然出现数据崩溃的迹象。她的身体开始闪烁，出现一道道裂痕。紧接着，她的身体缓缓展开，展露出体内封印的猩红核心。令林夜震惊的是，这个猩红核心竟是缩小版的收割者本体。
“这……这怎么会是收割者本体？”林夜惊讶地说道。
就在这时，收割者本体发出一阵诡异的笑声：“林夜，你以为你能阻止我？太天真了。清瑶不过是我控制的傀儡，而你，也即将成为我力量的一部分。”
林夜握紧了拳头，眼中燃烧着愤怒的火焰：“收割者，你的阴谋不会得逞的。我一定会摧毁你，拯救清瑶，拯救这个宇宙。”
说完，林夜调动体内所有的力量，朝着收割者本体发动了最后的攻击。在攻击的过程中，林夜发现收割者本体的力量非常强大，每一次攻击都带着毁灭的气息。但林夜没有退缩，他凭借着顽强的意志和对清瑶的爱，一次次化解了收割者的攻击。
就在林夜与收割者激烈对抗时，洛清瑶也加入了战斗。她运用自己独特的力量，干扰收割者的行动，为林夜创造攻击的机会。在两人的默契配合下，收割者的防御逐渐出现破绽。
林夜抓住机会，集中全力朝着收割者本体的核心发动攻击。随着一声巨响，收割者本体被击中，身体开始出现裂痕。“不！这不可能……”收割者发出一声绝望的怒吼，身体逐渐消散。
随着收割者本体的消散，原始洛清瑶也恢复了意识。她看着林夜，眼中充满了愧疚和感动：“林夜，对不起……我被收割者控制了。”
林夜紧紧地抱住洛清瑶：“清瑶，没事了。一切都结束了。”